Дар солҳои истиқлолият дар низоми судӣ низ ислоҳоти ҷиддӣ анҷом дода шуд. Ҳокимияти судӣ ҳамчун шохаи мустақил ва ҷудогонаи ҳокимияти давлатӣ эътироф карда шуд. Фаъолияти мақомоти судӣ бар асоси талаботи замон ва меъёрҳои асноди байналмилалӣ танзим гардида, мустақилияти судяҳо бо меъёрҳои конститутсионӣ таҳким бахшида шуд. Барои амалӣ гардонидани адолати судӣ дар Қувваҳои Мусаллаҳ соли 1993 бо Қарори Раёсати Шӯрои Олӣ Коллегияи ҳарбии Суди Олии Ҷумҳурии Тоҷикистон ва моҳи июни соли 1994 судҳои ҳарбии гарнизонҳо ташкил ёфтанд. Коллегияи ҳарбии Суди Олӣ нисбат ба судҳои ҳарбии гарнизонҳо бевосита марҳалаи болоии судӣ ба ҳисоб меравад.

Дар ҳамин раванд 14 апрели соли 1997 Фармони Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон таҳти №692 «Дар бораи баъзе тадбирҳо оид ба таъмини мустақилияти ҳокимияти судии Ҷумҳурии Тоҷикистон» ба имзо расид, ки дар он масъалаҳои беҳтар намудани вазъи иҷтимоии судяҳо ва кормандони дастгоҳи судҳо гузошта шуда буд.
Ба хотири таҳкими ҳокимияти судӣ ва таъмини мустақилияти судҳо дар амалӣ кардани адолати судӣ бо ташаббуси бевоситаи Президенти Тоҷикистон Эмомалӣ Раҳмон Шӯрои адлияи Ҷумҳурии Тоҷикистон таъсис дода шуд. Амалӣ шудани ин меъёрҳои конститутсионӣ ва таъмини воқеии кафолати мустақилияти судҳо бо роҳи аз тобеияти ҳокимияти иҷроия, яъне аз Вазорати адлия баровардани ҳалли масъалаҳои таҳия намудани таклифҳо вобаста ба гузаронидани ислоҳоти судӣ, такмили низоми судиву ҳуқуқӣ, интихобу пешбарии номзадҳои арзанда ба вазифаи судя, озод намудани судяҳо аз вазифа, ҳамзамон бо ин, баланд бардоштани нақш ва мавқеи ҳокимияти судӣ ва ғайра таъсиси сохтори алоҳидаро тақозо менамуд. Таъсиси Шӯрои адлия тақозои замон ва татбиқи амалии сиёсати давлат оид ба ҳокимияти судӣ мебошад.
Бо дарназардошти он, ки мақомоти судӣ ба ҳайси рукни алоҳидаи ҳокимияти давлатӣ эътироф шудааст, марҳалаи аввали ислоҳоти судӣ – ҳуқуқӣ оғоз гардида, вазифаҳои ҳокимияти судӣ ба таври мушаххас дар Конститутсияи (Сарқонуни) Ҷумҳурии Тоҷикистон бобати ҳифзи ҳуқуқ, озодии инсону шаҳрванд, манфиати давлат, ташкилоту муассисаҳо, қонунияту адолат муқаррар карда шуд.
Дар иртибот ба ин масъалаҳо бояд зикр кард, ки Президент ва Ҳукумати Ҷумҳурии Тоҷикистон бо дарназар гирифтани аҳамият, нақш ва мавқеи ҳокимияти судӣ дар таҳкими қонуният, тартиботи ҳуқуқӣ, ҳифзи ҳуқуқу озодиҳои шаҳрвандон пайваста таваҷҷӯҳи хос зоҳир менамоянд. Аз ҷумла дар солҳои Истиқлолияти давлатӣ як қатор санадҳои ҳуқуқие қабул гардидаанд, ки заминаҳои қабули онҳо ислоҳоти конститутсионӣ буда, ин аснод дар тақвият бахшидани фаъолияти мақомоти судӣ нигаронида шудаанд.
Дар раванди ислоҳоти судӣ – ҳуқуқӣ дар сохтори судии кишвар судҳои конститутсионӣ, иқтисодӣ ва ҳарбӣ таъсис дода шуда, қонунҳои соҳавӣ, кодексҳои гражданӣ, ҷиноятӣ, оила, меҳнат ва ғайра қабул гардид, мӯҳлати ваколати судяҳо аз панҷ сол ба даҳ сол тамдид ёфта, воҳидҳои вазифаҳои судя ва кормандони дастгоҳи судҳо низ зиёд карда шуд.
Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон дар Паёми навбатӣ ба Маҷлиси Олӣ аз 24 апрели соли 2010 бори дигар дар иртибот ба масъалаҳои марбут ба мақомоти судӣ таваҷҷӯҳ намуда, таъкид фармуданд, ки Барномаи ислоҳоти судӣ – ҳуқуқӣ дар рушду такомул ва тақвияти ҳокимияти судӣ нақши арзанда гузоштааст. Аз ин рӯ ҷиҳати идомаи ислоҳоти судӣ-ҳуқуқӣ ва таҳияи Барномаи нави мукаммали соҳа дастур доданд.
Дар ин асно бо Фармони Президенти кишвар аз 3 январи соли 2011 Барномаи ислоҳоти судӣ-ҳуқуқӣ барои солҳои 2011-2013 тасдиқ гардид, ки дар он ҳалли масъалаҳои таҳияи Кодекси мурофиавии ҳуқуқвайронкунии маъмурӣ, таҳлили қонунгузории мамлакат ҷиҳати ворид намудани тағйиру иловаҳо вобаста ба беҳтар кардани фаъолияти низоми адолати судӣ ва дар ин раванд ҳамасола пешбинӣ намудани афзоиши маблағгузории мақомоти судӣ дар буҷети давлатӣ ва ғайраҳо пешбинӣ шуданд, ки ин ҳама барои таъмини мустақилияти судяҳо ва амалӣ гаштани кафолати конститутсионии ҳифзи судӣ аҳамияти муҳим доранд.
Пас аз соҳибистиқлол гардидани Тоҷикистон ва қабули Конститутсияи нав ҳокимияти судӣ ҳамчун рукни муҳим ва зарурии сохтори ҳокимияти давлатӣ ба марҳалаи нав ворид гардид ва он аз ҷиҳати ташкилӣ ва сифату миқдори ниҳодҳои татбиқкунандаи адолати судӣ ташаккул ёфт. Аз ҷумла бори нахуст дар низоми судии кишвар ниҳодҳои мустақили судӣ - Суди конститутсионӣ, судҳои иқтисодӣ ва ҳарбӣ таъсис дода шуданд.
Ҳокимияти судӣ дар Тоҷикистон мустақил буда, адолати судӣ аз тарафи Суди конститутсионӣ, Суди Олӣ, Суди Олии иқтисодӣ, Суди ҳарбӣ, Суди Вилояти Мухтори Кӯҳистони Бадахшон, судҳои вилоят, шаҳри Душанбе, шаҳр ва ноҳия, Суди иқтисодии Вилояти Мухтори Кӯҳистони Бадахшон, судҳои иқтисодии вилоятҳо ва шаҳри Душанбе амалӣ карда мешавад.
Яке аз арзишҳои муҳими Конститутсияи давлати соҳибистиқлоли мо волоият ва амали мустақими меъёрҳои он мебошад. Аз ин рӯ, бо мақсади ҳифз, таъмини волоият ва амали бевоситаи Конститутсия ва ҳимояи ҳуқуқу озодиҳои инсон ва шаҳрванд Суди конститутсионии Ҷумҳурии Тоҷикистон ҳамчун мақоми мустақили ҳокимияти судӣ дар низоми судии кишвар таъсис ёфтааст.
Суди конститутсионии Ҷумҳурии Тоҷикистон ҳамчун падидаи нави давлати ҳуқуқбунёду демократӣ ва мақоми махсуси назорати конститутсионӣ дар давраи фаъолияти начандон тӯлонӣ зарурат ва аҳамияти худро дар бунёди давлатдории навини Тоҷикистон борҳо собит сохта, нишон дод, ки нақш ва мақоми ин ниҳоди адолат ҳамчун падидаи зарурии ҷомеаи муосир дар таҷрибаи байналмилалӣ пазируфта шудааст.
Вобаста ба мақоми Суди конститутсионӣ Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон дар суханронии худ ба муносибати 15-умин солгарди қабули Конститутсия иброз намуд, ки «дар низоми судии кишвар Суди конститутсионӣ мақоми махсус дорад ва яке аз вазифаҳои аввалиндараҷаи он таъмини волоияти Конститутсия дар низоми санадҳои меъёрии ҳуқуқӣ мебошад».
Мақоми дигари олии ҳокимияти судӣ дар кишвар Суди Олии Ҷумҳурии Тоҷикистон ба шумор меравад, ки фаъолияти он дар асоси Конститутсия ва Қонуни конститут¬сионии Ҷумҳурии Тоҷикистон «Дар бораи судҳои Ҷумҳурии Тоҷикистон» ба танзим дароварда шуда, назорати судиро аз болои фаъолияти судҳои ҳарбии гарнизонҳо, Суди Вилояти Мухтори Кӯҳистони Бадахшон, вилоятҳо, шаҳри Душанбе, судҳои шаҳру ноҳия оид ба парвандаҳои гражданӣ, ҷиноятӣ, маъмурӣ ва дигар парвандаҳои дар тобеияти ин судҳо буда амалӣ менамояд.
Ҳоло дар Суди Олӣ коллегияҳои судӣ оид ба парвандаҳои гражданӣ, ҷиноятӣ, оилавӣ, маъмурӣ ва ҳарбӣ фаъолият мекунад. Коллегияҳои судӣ дар доираи салоҳият ва ваколатҳояшон тибқи меъёрҳои қонунгузорӣ парвандаҳоро ба тариқи кассатсионӣ, назоратӣ, ҳамчунин ба сифати суди марҳалаи якум, аз рӯи ҳолатҳои нав ошкоргардида, таъиноти марҳалаи кассатсионӣ ва назоратиро, ки бар асоси онҳо санадҳои судии суди марҳалаи якум тағйир дода шуда ё санади нави судӣ қабул гардидааст, баррасӣ намуда, таҷрибаи судиро ҷамъбаст ва омори судиро якҷо бо дигар масъалаҳои муайяннамудаи қонунгузорӣ ҳаллу фасл мекунанд.
Суди Олии иқтисодии Ҷумҳурии Тоҷикистон низ оид ба ҳалли баҳсҳои иқтисодӣ ва парвандаҳои дигаре, ки аз тарафи судҳои иқтисодӣ мавриди баррасӣ қарор мегиранд, мақоми олии судӣ буда, дар шаклҳои мурофиавие, ки қонун пешбинӣ кардааст, ба фаъолияти онҳо назорати судӣ мебарад ва оид ба масъалаҳои таҷрибаи судӣ тавзеҳоти дастурӣ медиҳад.
Танзими муносибатҳои вобаста ба хизмати давлатӣ яке аз муҳимтарин масъалаҳо дар ҷомеаи кунунӣ мебошад. Бо мақсади баланд бардоштани нақш ва мақоми хизматчиёни давлатӣ дар ҷомеа, интизом, савияи дониш, таҷриба, маҳорату истеъдоди кордониву касбии онҳо, интихоби кадрҳои боистеъдоди ба манфиатҳои давлату ҷомеа содиқ ва ба хотири танзими сохтори идораҳои кишвар бо Фармони Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон аз 25 январи соли 2001 Раёсати хизмати давлатии назди Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон таъсис дода шуд.
Фармони дигари Президенти Ҷумҳурии Тоҷикистон «Дар бораи таъсиси Донишкадаи такмили ихтисоси хизматчиёни давлатии Ҷумҳурии Тоҷикистон» аз 9 октябри соли 2002 барои бозомӯзӣ ва такмили ихтисоси хизматчиёни давлатӣ дар кишвар имконот ва заминаҳои зарурӣ фароҳам овард.